Nông nghiệp qui mô lớn đồng nghĩa với ô nhiễm qui mô lớn, đặc biệt là do các loại chất thải động vật. Ví dụ như chất thải từ các trang trại gia cầm gây hại cho môi trường, nhưng lại chứa những dưỡng chất tốt để làm phân bón. Các nhà khoa học ở bang Maryland đang phát triển công nghệ để kiếm lợi từ chất thải gia cầm.