Phúc trình Tự do Tôn giáo ở Việt Nam năm 2016 của Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ công bố hôm 15/8 nhấn mạnh rằng chính quyền Hà Nội tiếp tục hạn chế sinh hoạt tôn giáo của các nhóm tôn giáo chưa được nhà nước công nhận, nghiêm trọng nhất là việc chính quyền Quận 2, TP. HCM cưỡng chế chùa Liên Trì của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất.
Phúc trình dài 29 trang nói rằng Tổng thống, Ngoại trưởng, và Đại sứ Hoa Kỳ trong các cuộc họp với các quan chức cấp cao của Việt Nam đều kêu gọi Việt Nam tăng cường tự do tôn giáo hơn nữa.
Báo cáo của Bộ Ngoại giao Mỹ cho biết Quốc hội Việt Nam, vào tháng 11/2016, đã thông qua Luật Tôn giáo và Tín ngưỡng, dự kiến có hiệu lực vào tháng 1/2018. Tuy nhiên, cho đến nay luật này vẫn đang chờ một nghị định và các thông tư hướng dẫn thực hiện.
Bản phúc trình nói rằng chính quyền tiếp tục hạn chế các hoạt động trong lĩnh vực giáo dục và y tế của các nhóm tôn giáo được công nhận, dù ít nghiêm trọng hơn năm trước. Còn đối với các nhóm tôn giáo chưa có giấy chứng nhận đăng ký thì các hoạt động này rất hạn chế.
Vào tháng 6, Ban Tôn giáo Chính phủ công nhận toàn quốc đối với Giáo hội Các Thánh hữu Ngày sau của Chúa Giê su Kytô (Mặc Môn).
Vào tháng 9, lần đầu tiên kể từ năm 1975, chính quyền cho phép Học viện Công giáo Việt Nam khai giảng khóa Cao học thần học ở thành phố Hồ Chí Minh.
Tuy nhiên, bản phúc trình nói chính quyền địa phương vẫn còn hạn chế nhiều hoạt động sinh hoạt tôn giáo.
Nổi bật nhất trong phúc trình tự do tôn giáo 2016 là việc chính quyền Quận 2 ở Thành phố Hồ Chí Minh đã cưỡng chế chùa Liên Trì của Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất vào ngày 8/9/2016.
Bản phúc trình cũng nêu trường hợp gần 200 nhân viên chính quyền, công an, dân phòng, an ninh thường phục ngày 2/1/2016 đánh đập một số đan sĩ của Đan viện Thiên An, tỉnh Thừa Thiên Huế.
Mục sư Tin lành người Thượng Ksor Xiêm ở huyện Ayun Pa, tỉnh Gia Lai, bị công an đánh vì không chịu bỏ đạo vào tháng 12/2015; sau khi được thả về nhà ông đã chết vì thổ huyết vào đầu năm 2016, bản phúc trình cho biết.
Một trường hợp khác là bà Trần Thị Thúy, một tín đồ Hòa Hảo bị giam cầm ở trại An Phước, tỉnh Bình Dương liên tục bị từ chối điều trị khối u bướu trong tử cung và một vết thương ở bụng, dù đã yêu cầu nhiều lần.
Còn vào ngày 7/5/2016, Linh mục Nguyễn Văn Thế bị công an mặc thường phục hành hung bằng dùi cui và gậy sắt sau khi dâng lễ tại một một buôn làng người dân tộc thiểu số ở huyện Sơn Dương, tỉnh Tuyên Quang.
Hoa Kỳ hối thúc chính quyền các cấp cho phép tất cả các nhóm tôn giáo như Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất (UBCV), các hội thánh Tin lành, các nhóm Cao Đài, Hòa Hảo độc lập được tự do sinh hoạt và chấm dứt các hạn chế đối với các nhóm tôn giáo chưa đăng ký.
Hoa Kỳ đồng thời hối thúc Hà Nội giải quyết một cách ôn hòa các vụ tranh chấp đất đai liên quan đến các tổ chức tôn giáo.
