Các mối đe dọa tấn công khủng bố vẫn còn tồn tại ở Indonesia. Mặc dù các chuyên gia an ninh và giới chức chống khủng bố đều cho rằng họ đã đạt được tiến bộ trong cuộc chiến chống lại tổ chức khủng bố nguy hiểm nhất ở Đông Nam Á, Jemaah Islamiyah. Tuy nhiên tổ chức này đang được nhóm lại và mục đích của họ hiện vẫn chưa thể hiện rõ.
Mỗi năm nhóm Jemaah Islamiyah lại thực hiện một cuộc tấn công khủng bố ở Indonesia, kể từ năm 2002 khi nhóm này dàn dựng một vụ nổ bom đúp tại đảo Bali làm 202 người thiệt mạng.
Được biết đến với tên gọi J.I., kể từ đó nhóm này đã bị qui trách nhiệm về hàng loạt các vụ đánh bom tại Indonesia và Philipin, gồm cả một vụ đánh bom tự sát nhằm vào khách sạn Marriot ở Jakarta, vụ đánh bom bên ngoài sứ quán Australia năm 2004 và các vụ đánh bom khác ở đảo Bali năm 2005.
Nhóm Jemaah Islamiyah đã thiết lập quan hệ với tổ chức khủng bố al-Qaida, và là một tổ chức khủng bố lớn nhất hiện đang hoạt động tại khu vực Đông Nam Á. Tổ chức này đã hoạt động tích cực ở Indonesia, Philipin, Malaysia và Singapore, và mục đích mà tổ chức này tuyên bố là nhằm thành lập một nhà nước Hồi giáo dọc phần lãnh thổ của các nước nằm ở khu vực phía nam của Đông Nam Á.
Cảnh sát Indonesia đã bắt giữ hơn 300 chiến binh Hồi giáo kể từ vụ đánh bom đầu tiên ở Bali, họ đã kết án và bỏ tù hầu hết các chiến binh này. Một số trong số những chiến binh này sắp bị xử tử hình.
Tuy nhiên bất chấp những vụ bắt giữ này, và cái chết hồi năm ngoái của thủ lĩnh Azahari bin Hussein trong một cuộc đấu súng với cảnh sát ở miền Trung Java, các chuyên gia an ninh và chính phủ cho rằng mối đe dọa về một cuộc tấn công khác vẫn còn hiện hữu. Ngoài các lý do khác thì một thủ lĩnh khác của Jemaah Islamiyah ở khu vực Đông Nam Á, Noordin Top, kẻ đang bị truy nã đặc biệt, vẫn là mối đe dọa rất lớn.
Bà Sidney Jones, giám đốc văn phòng Nhóm International Crisis ở Indonesia, và là một chuyên gia về Jemaah Islamiyah nói rằng tổ chức này đã bị suy yếu và phân tán, tuy nhiên vẫn chưa hoàn toàn bị đánh bại.
Tôi nghĩ rằng chúng ta đang thấy một thế hệ mới cuả nhóm Jemaah Islamiyah. Nhóm này không còn nhiều ý tưởng đánh bom các mục tiêu phương Tây, nhưng có ý tưởng phục hồi và củng cố lại lực lượng thành một tổ chức. Tôi cho rằng chúng ta đang đối mặt với một tổ chức có khả năng phục hồi cao.
Bà Jones nói rằng mục tiêu và chiến lược của tổ chức này vẫn chưa rõ ràng.
Mặc dù nhóm này không còn quan tâm nhiều đến các vụ đánh bom, nhưng nhu cầu chuẩn bị lực lượng vẫn được chú trọng rất nhiều. Và vấn đề ở đây là mục tiêu của họ là gì và tổ chức này sẽ làm gì với việc huấn luyện quân đội và những sự chuẩn bị này của họ.
Trung tướng Ansyaad Mbai, giới chức lãnh đạo chống khủng bố hàng đầu của Indonesia cũng nói rằng chính phủ đã đạt được nhiều tiến bộ trong cuộc chiến chống khủng bố, tuy nhiên ông cho rằng chỉ thực thi luật pháp không thôi sẽ không thể chấm dứt được các mối đe dọa.
Bởi vì khủng bố là một hoạt động có động cơ về hệ tư tưởng và chính trị, cho nên các hoạt động chống khủng bố không thể chỉ dựa trên lực lượng vũ bão hay sức mạnh quân sự để trấn áp sự phát triển của các hoạt động khủng bố. Vì vậy kinh nghiệm cho chúng ta thấy rằng việc bắt giữ, giam cầm, các hình phạt, bao gồm cả án tử hình, hay thậm chí cả các hoạt động quân sự cũng đã không thể làm gì để ngăn chặn khủng bố.
Ông Ansyaad nói thêm, thay vì thế chính phủ đã khởi động một chương trình giáo dục công chúng, một phần thông qua phương tiện truyền hình, với hy vọng làm suy yếu các nỗ lực nhằm kết nạp thành viên mới của nhóm Jemaah Islamiyah.
Ông nói, chương trình này nhắm đến đối tượng là các cá nhân của phong trào mà ông gọi là “phong trào cấp tiến”, những người đã lên án tình bạo động và sẵn sàng hợp tác với chính phủ.
Các nỗ lực khác bao gồm các chương trình truyền hình của các nhóm giáo sĩ hồi giáo những người đã kêu gọi các tín đồ trung thành theo đạo hồi một cách hòa bình.
Ít nhất một cựu chiến binh nói rằng các cơ hội để nhóm Jemaah Islamiyah tuyển mộ một số lượng thành viên lớn đã bị vuột mất bởi chính các hành động của nhóm này.
Ông Nasir Abbas, cựu thủ lĩnh nhóm Jemaah Islamiyah là anh rể của Muklas, một trong những kẻ đạo diễn vụ đánh bom Bali hồi năm 2002. Ông Nasir đã đào tạo binh sĩ tại Afghanistan, và thiết lập các trại huấn luyện binh sĩ ở miền nam Philipin.
Ông nói ông phản đối kế hoạch thực hiện vụ đánh bom Bali đầu tiên, bởi ông tin rằng giết hại những người dân vô tội là không thể chấp nhận được.
Sau khi bị bắt giữ vào năm 2003, ông Nasir nói rằng ông đã quyết định hợp tác với chính phủ trong cuộc chiến chống lại nhóm Jemah Islamiya.
Những gì họ đã làm là giết hại dân thường, giết hại những người không có vũ khí, giết hại những người không thuộc quân đội. Đây là điều mà tôi có thể nói là đó không phải là chiến tranh, không phải là một trận chiến, không phải là jihad, mà là một tổ chức giết người hàng loạt, họ đã làm hỏng phong trào của Jemaah Islamiyah.
Indonesia là một đất nước dân chủ, thế tục với dân số hồi giáo lớn nhất thế giới. Hầu hết mọi người dân đều theo đạo hồi một cách ôn hòa. Vì vậy ông Nasir cho rằng việc giết hại những người vô tội, hành động chính của Jemaah Islamiyah, đã hủy hoại bất kỳ cơ hội nhận được sự hỗ trợ rộng rãi nào của công chúng.
