Cơ quan Điều hành Chương trình Hàng không Mẫu hạm gồm:
- Cơ quan lập kế hoạch, thiết kế và xây dựng những hàng không mẫu hạm mới (hiện là các tàu lớp Ford)
- Cơ quan chuyên trách bảo trì, sửa chữa những hàng không mẫu hạm đang hoạt động
- Cơ quan về lập kế hoạch, điều hành việc bảo trì và sửa chữa khi chiến hạm đạt 25 tuổi (Theo thiết kế, hàng không mẫu hạm hoạt động 50 năm. Nhưng đạt 25 năm hoạt động, tàu được đưa vào ụ khô để thay nhiên liệu nguyên tử, sửa chữa, hiện đại tất cả máy móc và hệ thống, để tàu hoạt động thêm 25 đến 50 năm nữa)